In computer-aided drug discovery (CADD), virtual screening (VS) is used for identifying the drug candidates that are most likely to bind to a molecular target in a large library of compounds. Most VS methods to date have focused on using canonical compound representations (e.g., SMILES strings, Morgan fingerprints) or generating alternative fingerprints of the compounds by training progressively more complex variational autoencoders (VAEs) and graph neural networks (GNNs). Although VAEs and GNNs led to significant improvements in VS performance, these methods suffer from reduced performance when scaling to large virtual compound datasets. The performance of these methods has shown only incremental improvements in the past few years. To address this problem, we developed a novel method using multiparameter persistence (MP) homology that produces topological fingerprints of the compounds as multidimensional vectors. Our primary contribution is framing the VS process as a new topology-based graph ranking problem by partitioning a compound into chemical substructures informed by the periodic properties of its atoms and extracting their persistent homology features at multiple resolution levels. We show that the margin loss fine-tuning of pretrained Triplet networks attains highly competitive results in differentiating between compounds in the embedding space and ranking their likelihood of becoming effective drug candidates. We further establish theoretical guarantees for the stability properties of our proposed MP signatures, and demonstrate that our models, enhanced by the MP signatures, outperform state-of-the-art methods on benchmark datasets by a wide and highly statistically significant margin (e.g., 93% gain for Cleves-Jain and 54% gain for DUD-E Diverse dataset).
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Traditional approaches to extrinsic calibration use fiducial markers and learning-based approaches rely heavily on simulation data. In this work, we present a learning-based markerless extrinsic calibration system that uses a depth camera and does not rely on simulation data. We learn models for end-effector (EE) segmentation, single-frame rotation prediction and keypoint detection, from automatically generated real-world data. We use a transformation trick to get EE pose estimates from rotation predictions and a matching algorithm to get EE pose estimates from keypoint predictions. We further utilize the iterative closest point algorithm, multiple-frames, filtering and outlier detection to increase calibration robustness. Our evaluations with training data from multiple camera poses and test data from previously unseen poses give sub-centimeter and sub-deciradian average calibration and pose estimation errors. We also show that a carefully selected single training pose gives comparable results.
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We introduce PRISM, a method for real-time filtering in a probabilistic generative model of agent motion and visual perception. Previous approaches either lack uncertainty estimates for the map and agent state, do not run in real-time, do not have a dense scene representation or do not model agent dynamics. Our solution reconciles all of these aspects. We start from a predefined state-space model which combines differentiable rendering and 6-DoF dynamics. Probabilistic inference in this model amounts to simultaneous localisation and mapping (SLAM) and is intractable. We use a series of approximations to Bayesian inference to arrive at probabilistic map and state estimates. We take advantage of well-established methods and closed-form updates, preserving accuracy and enabling real-time capability. The proposed solution runs at 10Hz real-time and is similarly accurate to state-of-the-art SLAM in small to medium-sized indoor environments, with high-speed UAV and handheld camera agents (Blackbird, EuRoC and TUM-RGBD).
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面部3D形态模型是无数应用程序的主要计算机视觉主题,并且在过去二十年中已得到高度优化。深层生成网络的巨大改进创造了改善此类模型的各种可能性,并引起了广泛的兴趣。此外,神经辐射领域的最新进展正在彻底改变已知场景的新颖视图综合。在这项工作中,我们提出了一个面部3D形态模型,该模型利用了上述两者,并且可以准确地对受试者的身份,姿势和表达进行建模,并以任意照明形式呈现。这是通过利用强大的基于风格的发电机来克服神经辐射场的两个主要弱点,即它们的刚度和渲染速度来实现的。我们介绍了一个基于样式的生成网络,该网络在一个通过中综合了全部,并且仅在神经辐射场的所需渲染样品中构成。我们创建了一个庞大的标记为面部渲染的合成数据集,并在这些数据上训练网络,以便它可以准确地建模并推广到面部身份,姿势和外观。最后,我们表明该模型可以准确地适合“野外”的任意姿势和照明的面部图像,提取面部特征,并用于在可控条件下重新呈现面部。
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安全字段中的数据标签通常是嘈杂,有限或偏向于人口子集的。结果,诸如准确性,精度和召回指标之类的普遍评估方法,或从标记数据集中计算的性能曲线的分析对机器学习(ML)模型的现实性能没有足够的信心。这减慢了该领域的机器学习的采用。在当今的行业中,我们依靠域专业知识和冗长的手动评估来建立此信心,然后再运送新的安全应用程序模型。在本文中,我们介绍了Firenze,这是一种使用域专业知识对ML模型的性能进行比较评估的新型框架,并编码为称为标记的可扩展功能。我们表明,在称为感兴趣的区域的样本中计算和组合的标记可以提供对其现实世界表演的强大估计。至关重要的是,我们使用统计假设检验来确保观察到的差异,因此从我们的框架中得出的结论 - 比仅噪声可观察到的更为突出。使用模拟和两个现实世界数据集用于恶意软件和域名声誉检测,我们说明了方法的有效性,局限性和见解。综上所述,我们建议Firenze作为研究人员,领域专家和企业主混合团队的快速,可解释和协作模型开发和评估的资源。
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联合学习(FL)是一种分布式机器学习技术,可以在避免明确的数据共享的同时进行协作模型培训。 FL算法的固有保护属性使其对医疗领域特别有吸引力。但是,如果有异质的客户数据分布,则标准FL方法是不稳定的,需要密集的超参数调整以实现最佳性能。常规的超参数优化算法在现实世界中的FL应用中是不切实际的,因为它们涉及大量的培训试验,而计算预算有限,这些试验通常是不起作用的。在这项工作中,我们提出了一种有效的增强学习(RL)的联合次数超参数优化算法,称为自动FEDRL,其中在线RL代理可以根据当前的培训进度动态调整每个客户的超参数。进行了广泛的实验以研究不同的搜索策略和RL代理。该方法的有效性在CIFAR-10数据集的异质数据分配以及两个现实世界中的医学图像分割数据集上进行了验证,用于胸部CT中的COVID-19变病变分段,腹部CT中的胰腺细分。
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搜索引擎的健康误导是一个可能对个人或公共卫生产生负面影响的重要问题。为了减轻问题,TREC组织了健康错误信息轨道。本文介绍了这条赛道的提交。我们使用BM25和域特定的语义搜索引擎来检索初始文档。后来,我们检查了健康新闻架构以获得质量评估,并将其应用于重新排名的文件。我们通过使用互酷等级融合将分数与不同组件合并。最后,我们讨论了未来作品的结果并结束。
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在过去几年中,许多面部分析任务已经完成了惊人的性能,其中应用包括来自单个“野外”图像的面部生成和3D面重建。尽管如此,据我们所知,没有方法可以从“野外”图像中产生渲染的高分辨率3D面,并且这可以归因于:(a)可用数据的跨度进行培训(b)缺乏可以成功应用于非常高分辨率数据的强大方法。在这项工作中,我们介绍了一种能够从单个“野外”图像中重建光电型渲染3D面部几何和BRDF的第一种方法。我们捕获了一个大型的面部形状和反射率,我们已经公开了。我们用精确的面部皮肤漫射和镜面反射,自遮挡和地下散射近似来定义快速面部光电型拟型渲染方法。有了这一点,我们训练一个网络,将面部漫射和镜面BRDF组件与烘焙照明的形状和质地一起脱颖而出,以最先进的3DMM配件方法重建。我们的方法通过显着的余量优于现有技术,并从单个低分辨率图像重建高分辨率3D面,这可以在各种应用中呈现,并桥接不一体谷。
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大多数自治车辆都配备了LIDAR传感器和立体声相机。前者非常准确,但产生稀疏数据,而后者是密集的,具有丰富的纹理和颜色信息,但难以提取来自的强大的3D表示。在本文中,我们提出了一种新的数据融合算法,将准确的点云与致密的,但不太精确的点云组合在立体对。我们开发一个框架,将该算法集成到各种3D对象检测方法中。我们的框架从两个RGB图像中的2D检测开始,计算截肢和它们的交叉点,从立体声图像创建伪激光雷达数据,并填补了LIDAR数据缺少密集伪激光器的交叉区域的部分要点。我们训练多个3D对象检测方法,并表明我们的融合策略一致地提高了探测器的性能。
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社交媒体的普及创造了仇恨言论和性别歧视等问题。社交媒体中性别歧视的识别和分类是非常相关的任务,因为它们允许建立更健康的社会环境。尽管如此,这些任务很挑战。这项工作提出了一种使用多语种和单晶的BERT和数据点转换和与英语和西班牙语分类的策略的系统来使用多语种和单语的BERT和数据点转换和集合策略。它在社交网络中的性别歧视的背景下进行了2021年(存在2021年)任务,由Iberian语言评估论坛(Iberlef)提出。描述了所提出的系统及其主要组件,并进行深入的超公数分析。观察到的主要结果是:(i)该系统比基线模型获得了更好的结果(多语种伯爵); (ii)集合模型比单声道模型获得了更好的结果; (iii)考虑所有单独模型和最佳标准化值的集合模型获得了两个任务的最佳精度和F1分数。这项工作在两个任务中获得的第一名,最高的精度(任务1和任务2的0.658.780)和F1分数(对于任务1的任务1和F1-宏为0.780的F1二进制)。
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